肝囊腫既不會(huì)影響肝功能，也不會(huì)發(fā)展為肝癌，所以這種囊腫通常不必理它,只要定期復(fù)查即可。但如果它長(zhǎng)得實(shí)在太大，讓病人感覺(jué)不舒服時(shí)，可以進(jìn)行治療。治療時(shí)也不必開(kāi)刀，醫(yī)生可以在超聲波的引導(dǎo)下，將一根細(xì)細(xì)的針插入囊腫，用細(xì)針將囊腫內(nèi)的液體抽出來(lái)，然后再注入純酒精，這樣囊腫才不會(huì)再次長(zhǎng)大。如果囊腫長(zhǎng)得很大，患者覺(jué)得很痛時(shí)，也可以考慮開(kāi)刀治療，將囊腫連同囊腫的膜一起摘除，來(lái)解決病人的疼痛。
對(duì)于孤立性肝囊腫除非發(fā)生囊腫破裂、囊蒂扭轉(zhuǎn)或囊內(nèi)出血等并發(fā)癥，進(jìn)行緊急手術(shù)治療外，擇期手術(shù)需要根據(jù)囊腫的大小、部位和病人的全身情況和自覺(jué)癥狀而定。體檢中偶爾發(fā)現(xiàn)的無(wú)癥狀的孤立性肝囊腫可以暫時(shí)采用保守治療，利用超聲檢查定期觀察，需要警惕惡變的的發(fā)生。大的肝囊腫有癥狀出現(xiàn)者最好施行手術(shù)治療，因?yàn)榇┐坛橐旱缺Ｊ丿煼ㄒ话闳菀讖?fù)發(fā)，并且?guī)?lái)細(xì)菌污染可能。多囊肝通常應(yīng)采取非手術(shù)治療，由于其病變累及整個(gè)肝臟，除非采用肝移植，否則不能根治本病。然而，多囊肝一旦由于肝腫大壓迫胸腹部影響呼吸循環(huán)時(shí)，需考慮手術(shù)減輕壓力?？筛鶕?jù)具體條件用以下手術(shù)方法：
1.肝切除術(shù)；
2.囊腫切除術(shù)；
3.囊腫開(kāi)窗術(shù)或囊腫大部切除術(shù)；
4.囊腫內(nèi)引流術(shù)；
5.囊腫穿刺抽液及硬化術(shù)。
多囊肝的手術(shù)：除非病變局限于肝的一葉，且伴有癥狀;或疑有惡變者，一般多不主張手術(shù)治療。多囊肝當(dāng)發(fā)現(xiàn)其中個(gè)別囊腫增大迅速，壓迫鄰近臟器，嚴(yán)重影響病人日常生活或心肺功能時(shí)，可以對(duì)較大的囊腫進(jìn)行反復(fù)穿刺抽液。如果病人全身情況良好，肝功正常，也可作開(kāi)窗術(shù)，以減輕壓力，緩解癥狀，促使肝細(xì)胞再生。有條件者可進(jìn)行肝移植，以徹底根治本病。
多囊肝合并多囊腎的治療：多囊肝的治療參照以上方案。多囊腎沒(méi)有癥狀時(shí)，可觀察并定期復(fù)查腎功能。若出現(xiàn)癥狀(如腰痛、血尿、高血壓、腎功能衰竭等)，則需要手術(shù)治療，包括穿刺或切開(kāi)囊腫，降低囊腫壓力，有時(shí)可以延緩病變的進(jìn)展和腎功能衰竭，必要時(shí)進(jìn)行透析療法。根治的方法需要腎移植。