(一)治療
1.一般治療 對有低氧血癥和呼吸功能不全者，氧氣治療和輔助通氣治療是重要措施。以持續(xù)低流量吸氧為好。在病原治療開始后的72h內，應用腎上腺皮質激素，可改善肺功能，降低病死率。
2.病原治療 如在呼吸衰竭前進行抗孢子蟲治療，可大大降低病死率。
(1) 磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)：是首選的抗肺囊蟲藥。甲氧芐啶(TMP)按每天20mg/kg，磺胺甲噁唑(SMZ)按每天100mg/kg，分2～4次服。首劑加倍。一般療程2周，并發(fā)艾滋病者療程3周。如治療1周無效，可考慮換藥(噴他脒)。
(2)噴他脒：主要用于磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(SMZ/TMP)治療無效或對磺胺藥過敏者。每天4mg/kg，肌注，2周為一療程?？捎行?、腎、肝損害，骨髓抑制，低血糖等毒副反應。
(3)其他：可選用阿扎伐醌(atovaquone)、氨苯砜(dapsone，DDS)、α-二氟甲基鳥氨酸(DFMO)、乙胺嘧啶加磺胺多辛、伯氨喹加克林霉素等藥。
(二)預后
未及時救治者病死率達50%，如無特效治療，無論成人或兒童，病死率高達90%～100%。