軍團病的病死率約為15%，年齡越大，病死率越高，有基礎疾病或免疫缺陷者病死率亦高。死亡原因多數為呼吸衰竭，其次為休克和急性腎功衰竭。如能早期診斷及給予有效治療，病死率可以降低。
目前尚無有效的預防措施。
(一)飲水消毒：加氯或煮沸可殺滅本菌。
(二)對于空調系統(tǒng)應予關閉，進行消毒清洗。對于供水系統(tǒng)、濕潤器材、噴霧器等進行衛(wèi)生管理。以控制暴發(fā)流行。
(三)免疫菌苗正在研制中。
可通過預防措施處理軍團病造成的公共衛(wèi)生威脅。雖然不可能根除感染源，但可以顯著減少風險。軍團病的預防依賴于對可能感染源的良好管理，包括定期清洗和消毒以及采用其它物理(溫度)或化學措施(生物殺滅劑)盡量減少生長。例如，可對冷卻塔定期進行清洗和消毒，并經?；虿粩嗵砑由餁鐒?在溫泉池中保持足夠水平的氯等生物殺滅劑，并至少每周完全排水一次，清洗整個系統(tǒng);使冷熱水系統(tǒng)保持清潔，并使熱水保持在60攝氏度，冷水保持在20攝氏度以下，或者使用適當的生物殺滅劑進行處理以限制生長。尤其在醫(yī)院、工業(yè)場所、旅館、休閑中心等采用這些控制措施，將極大地減少軍團菌染污的可能性并預防散發(fā)病例的發(fā)生。目前采用的方法為氯化法(1×10-6)或間歇性高氯化法(50×10-6)。但該法易腐蝕管道，具一旦將氯化程度降低，軍團菌又可重新被檢出，故理想的消毒措施，尚有待進一步研究。